Gran Capitán vs Fernando el Católico
Pasaje de la Historia sobre Gran Capitán vs Fernando el Católico del programa la Rosa de los Vientos narrado por Juan Antonio Cebrían.
Terminada la guerra, Fernández de Córdoba gobernó como virrey en Nápoles durante cuatro años, con toda la autoridad de un soberano. Fue instrumento del envío a España como prisionero en 1504 de César Borgia, hijo del Papa español Alejandro VI (Rodrigo Borgia) para su custodia en Chinchilla.
Pero al escapar éste en 1506 a Navarra y pasar de haber sido Obispo de Pamplona en su infancia gracias a su padre, a ser ahora Condestable de Navarra por su cuñado el rey consorte Juan III de Albret, marido de la reina titular de Navarra Catalina I, quienes luchaban por evitar la absorción de su pequeño reino por una coalición navarro-castellano - aragonesa, César Borgia perdería la vida en la Batalla de Viana en marzo de 1507.
Los beamonteses navarros verían más de un 80% del territorio del reino incorporado a los dominios de Fernando II de Aragón y de su nueva y joven esposa Germana de Foix en 1512 tal como propugnaban y en el interregno 1516-1520 a los de su nieto. Un importante miembro del Consejo Real de Juan III de Albret, colega de César Borgia, fue precisamente el padre del luego famoso Jesuita San Francisco Javier, enviado por el Fundador de la Orden San Ignacio de Loyola a India y Japón para evangelizar por los privilegios papales concedidos a los portugueses e implantados en la Cancillería para Asuntos de Oriente en Lisboa del Rey Juan III de Portugal "El Piadoso". Lápida de la tumba del Gran Capitán en el Monasterio de san Jéronimo de Granada.
A la muerte de Isabel la Católica, el rey Fernando se hizo eco de ciertos rumores que acusaban a Fernández de Córdoba de apropiación de fondos de guerra durante el conflicto italiano, lo que unido a los temores de que se hiciese independiente gracias a la gran fama y notoriedad adquiridas, acabó con su destitución del mando, y aunque no está demostrado que le pidiese cuentas, Gonzalo, para justificar que lo que se decía de él no era cierto, presentó unas cuentas (que se conservan en el Archivo General de Simancas) con tal detalle, que han quedado como ejemplo de meticulosidad en la lengua popular. Sí es cierto, en cambio, que no cumplió los ofrecimientos que le había hecho, pese a sus deseos de volver a Italia.
Gonzalo entonces, se retiró a Loja (Granada), donde murió en 1515. El Gran Capitán fue un genio militar excepcionalmente dotado, que por primera vez manejó combinadamente la infantería, la caballería, y la artillería aprovechándose del apoyo naval. Supo mover hábilmente a sus tropas y llevar al enemigo al terreno que había elegido como más favorable. Revolucionó la técnica militar mediante la reorganización de la infantería en coronelías (embrión de los futuros tercios). Idolatrado por sus soldados y admirado por todos, tuvo en su popularidad su mayor enemigo.